De regjerende dynastiene i Maldivene har alltid hatt hovedsete i Malé, og Malé har vært sentrum for flere historiske hendelser.
Byen ble grunnlagt av portugiserne på 1600-tallet som et handelssted med fort og handelshus. I 1558 ble sultan Ali VI av Maldivene drept av den portugisiske kapteinen Andreas Andre, som ble hersker over Malé og store deler av landet i 15 år. Han og den portugisiske garnisonen ble styrtet av Muhammad Thakurufaanu og brødrene hans. Malabar hersket over Malé i noen måneder på 1800-tallet.
Malé vokste egentlig ikke stort før på 1930-tallet, da moderniseringen brakte med seg banker, sykehus, skoler og statlige bygg. På 70-tallet blomstret økonomien med turisme, og Malé har blitt utvidet flere ganger for å etterkomme det etter hvert akutte behovet for plass. Folketallet har vokst til anslåtte 5000 på 20-tallet til rundt 100 000 pr. i dag.
Legenden om Koimala
Koimala var visstnok en prins som kom fra det indiske subkontinent til atollen Malé. Der møtte han fiskere fra øya Giraavaru, som er en del av Malé-atollen. Ifølge legenden renset fiskerne ofte tunfisk ved en sandbanke, slik at vannet rundt ble forurenset av blod og innvoller. En dag så fiskerne prinsen komme seilende fra nord, og de ga ham lov til å slå seg ned ved sandbanken og det forurensede vannet. Etter hvert aksepterte de ham som regent. Det ble bygget et palass, og øya fikk navnet Malé.